定制基因编辑疗法,这一次是治疗婴儿遗传病

南方周末
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▲定制基因编辑疗法是精准地对DNA的单个碱基进行编辑和校正,从而达到永久性根治疾病的目的。(视觉中国 / 图)

▲定制基因编辑疗法是精准地对DNA的单个碱基进行编辑和校正,从而达到永久性根治疾病的目的。(视觉中国 / 图)

全文共2452字,阅读大约需要5分钟

全球首个体内碱基编辑治疗婴儿遗传病的病例在美获得成功。该疗法从基因诊断到应用,仅耗时6个月。研究人员下一步计划招募5名患儿进行试验性治疗。

文|张田勘

责任编辑|朱力远

2024年8月,美国一名叫穆尔东(KJ Muldoon)的男婴出生两天后,父母发现他睡眠时间长,而且有呼吸困难、肌肉僵硬等现象。他们不敢大意,连忙带孩子去医院检查,结果发现,穆尔东体内氨含量严重超标。

经过详细的综合检查后,医生诊断,穆尔东患的是一种罕见的遗传病——氨甲酰磷酸合成酶1(CPS1)缺乏症,病因在于他携带了源自父母双方的基因突变,这种突变是一种隐性遗传。

氨甲酰磷酸合成酶1缺乏症是由编码CPS1的基因(CPS1)发生突变引起的,突变只是在于一个碱基的变化,碱基鸟嘌呤替换了碱基腺嘌呤。这种情况称为基因的错义突变,而这会改变CPS1酶的氨基酸序列,导致相对应的酪氨酸改变为半胱氨酸,影响氨甲酰磷酸合成酶1的正常功能,结果导致尿素循环受损,最终引起高氨血症。

氨甲酰磷酸合成酶1缺乏症是一种较罕见的尿素循环疾病,患者无法分解食物中的蛋白质。通常情况下,治疗氨甲酰磷酸合成酶1缺乏症这种罕见遗传病主要包括常规的饮食控制、药物治疗,此外如果有合适的供体器官,也可以进行肝移植。在饮食方面,只能吃低蛋白食物,还要补充瓜氨酸和精氨酸,以及在血氨持续升高时使用降氨药物。

对于症状严重者,肝移植是一个不错的选项。但是,常规疗法难以根治氨甲酰磷酸合成酶1缺乏症,肝移植也难以等到合适的供肝,以及移植后还有多种副作用。如果移植效果不佳,可能要进行多次肝移植。这种病的病死率极高,在婴儿期就高达50%。

综合各种情况考虑,由美国费城儿童医院的尼古拉斯(Rebecca Ahrens-Nicklas)团队、美国宾夕法尼亚医学院的穆苏努鲁(Kiran Musunuru)和美国加州大学伯克利分校创新基因组学研究所 (IGI) 的研究人员组成的联合医疗团队向穆尔东的父母建议,采用一种新的基因疗法——定制基因编辑疗法(customized CRISPR gene editing therapy)来治疗穆尔东,经过充分的沟通,后者同意进行这种尝试。

定制基因编辑疗法的本质就是进行碱基编辑,即精准地对DNA的单个碱基进行编辑和校正,从而达到永久性根治疾病的目标。对穆尔东而言,就是要把鸟嘌呤改回正常的腺嘌呤,才能让氨甲酰磷酸合成酶1发挥正常功能,让尿素循环正常。

在穆尔东9个月时,开始接受碱基编辑治疗。到2025年6月,穆尔东接受了3次碱基编辑治疗,血氨水平接近正常,恢复了氨甲酰磷酸合成酶1的部分功能,肝功能指标有轻度波动,但未见严重不良反应,他的神经系统未出现损害。在住院治疗307天后,穆尔东出院回家。

业内专家认为,这是全球首个接受体内碱基编辑治疗成功的病例,而且该疗法从基因诊断到应用,仅耗时6个月。

定制基因编辑疗法的核心是碱基编辑,准确地说,是单碱基编辑。人的基因组含有约30亿个DNA碱基对。碱基对是以氢键相结合的分子,由胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)四种碱基以固定顺序排列成碱基序列,其中胸腺嘧啶(T)配对腺嘌呤(A),即T-A或A-T,之间有两个氢键作为连接;胞嘧啶(C)配对鸟嘌呤(G),即C-G或G-C,之间由三个氢键连接。

这些碱基对中的任何单一碱基出现错误,都称为碱基的错义突变(也称点突变),也是人类遗传病的主要致病原因之一。根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)的人类基因组变异数据库(ClinVar database)的数据,由胞嘧啶配对鸟嘌呤(C-G)到胸腺嘧啶配对腺嘌呤(T-A)的突变导致的遗传病约占已知人类遗传病的一半。如果在基因组DNA中将目标T-A碱基对转化为C-G碱基对,有可能纠正大部分与人类疾病相关的人类遗传病。

采用单碱基编辑治疗疾病最早由华裔科学家、美国哈佛大学生物化学家刘如谦(David Liu)教授团队提出和研发,采用一种基于CRISPR/Cas9的碱基编辑器(BE)进行单碱基纠正。碱基编辑器,在不产生DNA双链断裂的情况下,通过特定的酶作用于目标碱基,实现碱基的直接转换。这种基因编辑技术的优点在于,能极大降低脱靶,可以更精确地对点突变进行纠正。

目前,碱基编辑器主要包括胞嘧啶碱基编辑器(CBE)和腺嘌呤碱基编辑器(ABE),前者也是治疗穆尔东的单碱基编辑疗法。CBE通过将胞嘧啶脱氨酶、尿嘧啶糖基化酶抑制子和改造的CRISPR/Cas9蛋白融合,其中的胞嘧啶脱氨酶能够使非互补链中的胞嘧啶(C)经脱氨基作用变成尿嘧啶(U),随着DNA复制后,尿嘧啶(U)被胸腺嘧啶(T)取代,互补链上原来与胞嘧啶(C)互补的鸟嘌呤(G)会替换为腺嘌呤(A),实现C-G到T-A的转换。

腺嘌呤碱基编辑器(ABE)通过将腺嘌呤脱氨酶与CRISPR/Cas9系统融合,将腺嘌呤(A)转换为次黄嘌呤(I),在DNA复制过程中,I被识别为鸟嘌呤(G),通过类似于胞嘧啶碱基编辑器的机制实现靶序列中A-T到G-C的转换。

从过去的动物试验来看,单碱基编辑技术的编辑效率能达到70%-80%,如果把这视为疗效,对遗传性疾病是一个相当高的治愈率。现在,联合医疗团队基于对穆尔东治疗的碱基编辑技术和思路,研发了一个碱基编辑平台,能编辑多种与婴儿期尿素循环障碍有关的基因点突变,其中包括氨甲酰磷酸合成酶1,这些点突变都能通过相似的方法来进行碱基纠正。下一步研究团队计划招募5名患儿进行试验性治疗。

在获得5名患儿治疗的结果后,团队将讨论是否扩大进行Ⅰ/Ⅱ期临床治疗的人数,并且可能申报Ⅲ期临床试验。研究团队考虑,如果能在5到15名患儿中验证这一疗法,就可以向美国食品药品监督管理局(FDA)提出申请,让这一疗法尽快进入临床,救治更多的遗传病患者。

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编辑 麦小华
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